Hay pocas referencias históricas acerca de Santa Eulalia Bajera ya que durante muchos años fue aldea de Herce. Junto a esta localidad pasó a depender del monasterio de las monjas Bernardas en el año 1246 tras la donación de Alfonso López de Haro y su esposa. Como consecuencia esta localidad pasó a ser villa de abadengo donde la abadesa del monasterio de las Bernardas nombraba el alcalde ordinario.
Hasta la creación de la Provincia de Logroño en 1833, Santa Eulalia Bajera perteneció a la Provincia de Soria.